焚燒秸稈產生的煙霧對人身體健康構成嚴重威脅。據介紹，秸稈焚燒時，大氣中二氧化硫、二氧化氮和可吸入顆粒物三項污染指數將達到高峰值，其中二氧化硫的濃度比平時高出1倍，二氧化氮、可吸入顆粒物的濃度比平時高出3倍。對人的眼睛、鼻子和咽喉黏膜刺激較大，輕則造成咳嗽、胸悶、流淚，重則將導致突發支氣管炎，加重肺炎等病癥。
2008年，我國提出了到2015年農作物秸稈資源綜合利用率超過80%的目標。目前，我國離這一預定的目標還有很大的差距，任務十分艱巨。秸稈造紙是一條重要的資源利用出路，但傳統工藝產生的污染也很嚴重，而開發出“秸稈化機漿”無污染新技術雖已獲國家專利，可一旦開發進入產業化，就面臨著秸稈價格上漲的壓力。
發展秸稈循環經濟離不開國家政策的支持。我國應該在循環型農業上給予財政補貼。一些專家指出，應根據秸稈資源分散的特點，對一些小型利用項目，特別是一些偏遠地方的小型項目，比如，用秸稈做食用菌，花錢少，不傷害環境，像這樣的項目就應該獲得政策支持。
